Đầu năm 1992, Tân Cảng chuyển sang đầu tư khai thác tàu container. Tàu Saigon Venture với sức chứa 124 TEU là tàu container đầu tiên cập Tân Cảng ngày 12 tháng 2 năm 1992, đánh dấu thời điểm khởi đầu cho khai thác cảng container của Tân Cảng Sài Gòn. Từ năm 1992-1997, cảng quản lý, khai thác tàu container từng phần; đến cuối năm 1997 tiếp nhận 689 lượt tàu container, chiếm 93,6% số lượt tàu kinh tế. Trong 6 năm (1992-1997) cảng đã tiếp nhận 3.685 lượt tàu (614 lượt tàu/năm), trong đó 3.014 lượt tàu container, chiếm 81.8%; sản lượng container qua cảng đạt 1.492.607 Teus (248.767 TEU/năm) tốc độ tăng trưởng trung bình 34,32% năm.
Từ năm 1992 đến 1997, bằng nguồn vốn tự có, Tân Cảng đầu tư hơn 350 tỷ đồng nâng cấp và mua sắm trang thiết bị từ nước ngoài, tăng hiệu suất và hiện đại hóa hoạt động quản lý. Từ năm 1995 đến 2009, Tân Cảng đầu tư xây dựng mới cảng container chuyên dụng tại Cát Lái - theo quy hoạch cụm cảng biển số 5. Cát Lái có chiều dài cầu tàu hơn 1.200m, cho phép tiếp nhận tàu có tải trọng 30,000 DWT, sức chở 3,000 TEU, hệ thống phao và 70,000m vuông kho bãi hàng, 17 cẩu bờ KE, nhiều trang thiết bị xếp dỡ, vận chuyển, cùng phần mềm quản lý thời gian thực, năng suất giải phóng tàu trung bình 40TEU/h, thông quan 2,5 triệu TEU/năm.
Từ 1997 đến 2008, trên diện tích 50 ha tại huyện Thuận An, tỉnh Bình Dương do quân đoàn 4 bàn giao, Quân Cảng đã xây dựng 1 ICD theo mô hình hiện đại, hoàn chỉnh cho phép triển khai nhiều hoạt động dịch vụ quản lý, giao nhận, đóng gói, xếp dỡ, vận chuyển hàng hóa, kê khai hải quan, kho ngoại quan... với 115.000m vuông bãi chứa container, 18 kho hàng, 140,000m vuông đạt tiêu chuẩn; hệ thống giao thông nội bộ, nhà văn phòng,...
Từ giữa năm 2006, Tân Cảng Sài Gòn tiến hành khởi công xây dựng mới Tân Cảng - Cái Mép là cảng conainer nước sâu đầu tiên ở Việt Nam tai xã Tân Phước, huyện Tân Thành, Bà Rịa Vũng Tàu; với chiều dài trước bến 900m, độ sâu dưới 15m, chiều rộng trên 600m, cách phao số 0 hơn 10 hải lý, cho phép tiếp nhận tàu có tải trọng đến 80.000 tấn, tàu container sức chứa trên 6,000 teu. Tân Cảng Cái Mép chia làm 2 giai đoạn, giai đoạn 1 do công ty cổ phân Tân Cảng Cái Mép thuộc Công ty Tân Cảng Sài Gòn làm chủ đầu tư và khai thác quản lý, giai đoạn 2 do công ty liên doanh Cảng Quốc tế Tân Cảng, Cái Mép gồm 4 thành viên: Tân Cảng, Hãng tàu MOL, Hanjin và Wanhai khai thác.
